Климатът в Индонезия е обособил два основни сезона – влажен и сух. В по-голямата част на страната, влажният период е между октомври и април, когато е и слабият туристически сезон. Сухият сезон е от май до септември и съвпада с активния туристически сезон в страната. В някои части на Индонезия, като например остров Калимантан, разликата между двата периода е едва забележима.

Най-подходящото време да посетите Индонезия е от май до септември по време на сухия сезон. Влажният период в страната се проявява по различен начин в целия архипелаг. Дъждовете във северната част на остров Суматра са най-интензивни от октомври до януари, а в южните от януари до февруари. По това време на годината е възможно части от Папуа да останат недостъпни заради проливните валежи.

Най-много чуждестранни туристи посещават Индонезия по време Коледните и Новогодишни празници. Те се отправят предимно към островите Бали, Ява и Суматра. По това време на година цените са най-високи, а хотелите обикновено са препълнени. По време на Рамадан местните туристи запълват курортите и цените са отново доста по-високи.